Slovník výskumu peptidov
Pojmy z certifikátov, stránok produktov a literatúry, vysvetlené priamo, s odkazmi na dlhšie vysvetlenia.
Pojmy, ktoré sa objavujú na certifikátoch analýzy, na stránkach produktov a vo výskumnej literatúre, vysvetlené priamo. Kde má pojem vlastný článok, nasleduje odkaz.
A–C
Acetylácia (N-koncová) — naviazanie acetylovej skupiny na voľný amín na N-konci peptidu, blokujúce útok aminopeptidáz. Píše sa ako Ac- na začiatku sekvencie.
Aib — kyselina α-aminoizomaslová, neproteinogénna aminokyselina s dvomi metylovými skupinami na alfa uhlíku. Pridáva sterický objem blokujúci štiepenie DPP-4 a podporuje helikálnu štruktúru. Používa sa v GLP-III a ipamorelíne.
Agregácia — nezvratné spájanie peptidových molekúl navzájom, poháňané rozhraniami vzduch–kvapalina, cyklovaním mrazenia, vysokou koncentráciou a pH blízko izoelektrického bodu. Riedením sa nezvráti. Celý článok.
Amidácia (C-koncová) — premena koncovej karboxylovej kyseliny na amid, blokujúca útok karboxypeptidáz. Píše sa ako -NH2.
Bakteriostatická voda — sterilná voda s 0,9 % benzylalkoholu ako konzervačnou látkou, umožňujúca opakovaný prístup k fľaštičke počas týždňov. Cytotoxická; nevhodná pre bunkové kultúry. Celý článok.
Šarža (lot) — materiál vyrobený v jednom výrobnom behu za jednej sady podmienok. Analytické výsledky platia pre testovanú šaržu a pre žiadnu inú. Celý článok.
COA — certifikát analýzy. Dokument s analytickými výsledkami pre konkrétnu šaržu. Zmysluplný len vtedy, keď číslo šarže zodpovedá fľaštičke. Celý článok.
Protiión — opačne nabitý ión spojený s nabitými skupinami peptidu, zvyčajne trifluóracetát. Tvorí 5–20 % hmotnosti vo fľaštičke. Celý článok.
D–H
Deamidácia — samovoľná premena bočných reťazcov asparagínu alebo glutamínu na aspartát alebo glutamát, pridávajúca 1 Da. Zrýchľuje sa nad pH 7.
Delečná sekvencia — reťazec s jedným chýbajúcim zvyškom, vznikajúci pri neúplnom spojovacom kroku. Dominantná trieda nečistôt v syntetických peptidoch, štruktúrne dosť blízka produktu na to, aby sa ťažko oddeľovala.
DPP-4 — dipeptidylpeptidáza-4, enzým odstraňujúci prvé dva N-koncové zvyšky z náchylných peptidov. Hlavná eliminačná cesta inkretínových a GHRH peptidov a cieľ väčšiny inžinierstva polčasu.
Endotoxín — lipopolysacharid z membrán gramnegatívnych baktérií. Tepelne stabilný, pre HPLC neviditeľný, aktívny pri pikogramoch v práci s bunkami. Meria sa v EU/mg. Celý článok.
ESI — elektrosprejová ionizácia, metóda hmotnostnej spektrometrie dávajúca viacnásobne nabité ióny a napájajúca sa priamo na HPLC. Celý článok.
Fmoc — fluorenylmetyloxykarbonyl, chrániaca skupina labilná voči zásadám používaná v dominantnej stratégii syntézy na pevnej fáze.
GHS-R1a — receptor sekretagógov rastového hormónu, cieľ ghrelínu a triedy GHRP. Odlišný od receptora GHRH. Celý článok.
Polčas (t½) — čas, za ktorý plazmatická koncentrácia klesne na polovicu. Nie je to isté ako trvanie účinku. Celý článok.
HPLC — vysokoúčinná kvapalinová chromatografia. Delí podľa hydrofobicity a dáva čistotu ako percento plochy. Celý článok.
I–P
Izoelektrický bod (pI) — pH, pri ktorom peptid nenesie čistý náboj a rozpustnosť je minimálna. Väčšina zlyhaní rozpúšťania je peptid sediaci na svojom pI. Celý článok.
Laktámový mostík — kovalentné amidové spojenie dvoch bočných reťazcov cyklizujúce peptid. Stabilnejší než disulfid: nepreskupuje sa ani neredukuje. Hmotnostný podpis −18 Da.
Lyofilizácia — sušenie mrazom. Odstraňuje vodu sublimáciou vo vákuu a zanecháva sklovitú pevnú látku. Dôvod, prečo je zapečatený peptid stabilný pri izbovej teplote. Celý článok.
MALDI — laserová desorpcia/ionizácia za asistencie matrice. Dáva prevažne jednonásobne nabité ióny; toleruje soli.
Norleucín (Nle) — analóg metionínu bez síry, používaný na odstránenie oxidácie. Vyskytuje sa v Melanotane II.
Obsah peptidu — podiel hmotnosti vo fľaštičke, ktorý je skutočne peptidom, typicky 75–90 %. Iná otázka než čistota. Celý článok.
Čistota (HPLC, % plochy) — plocha hlavného píku delená celkovou integrovanou plochou. Relatívna, nie absolútna: nehovorí nič o protiiónoch ani vode.
R–Z
Rekonštitúcia — rozpustenie lyofilizovaného peptidu v rozpúšťadle. Celý článok.
Len na výskumné účely — regulačná pozícia, nie vylúčenie zodpovednosti. Právo EÚ zaraďuje podľa určeného účelu, takže výskumná chemikália je regulovaná podľa REACH a CLP, nie ako liek. Celý článok.
Preskupenie — disulfid, ktorý si vymení partnerov a dá izomér s rovnakou hmotnosťou a nesprávnou štruktúrou. Hmotnostnou spektrometriou nezistiteľné. Celý článok.
SPPS — syntéza peptidov na pevnej fáze. Reťazce sa stavajú na nerozpustnej živici, od C-konca. Celý článok.
TFA — kyselina trifluóroctová. Používa sa pri štiepení a ako prísada mobilnej fázy HPLC; predvolený protiión bežne purifikovaného peptidu. Pri dostatočnej koncentrácii cytotoxická.
Teoretická vs. nameraná hmotnosť — hmotnosť vypočítaná zo sekvencie oproti nameranej hmotnosti. Zhoda potvrdzuje identitu; bežné odchýlky sú +16 (oxidácia), +1 (voľná kyselina alebo deamidácia), −18 (strata vody) a −57 až −186 (delécia).
Všetky uvádzané produkty a informácie sú určené výhradne na in-vitro výskum a laboratórne použitie. Nič z uvedeného nie je lekárska rada a nepredstavuje ani nenaznačuje žiadne terapeutické tvrdenie.