Como ler uma sequência peptídica
Códigos de uma e três letras, por que o sentido importa e o que uma sequência diz sobre estabilidade e solubilidade antes de qualquer consulta.
Uma sequência peptídica escrita GEPPPGKPADDAGLV e a mesma sequência escrita Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val descrevem a mesma molécula. Saber passar de uma para a outra, e saber o que uma sequência diz antes de ler mais alguma coisa, é a competência mais transferível no trabalho com este material.
Duas notações, uma molécula
O código de três letras é a forma mais antiga e mais legível. O de uma letra existe porque as sequências se alongaram: um péptido de 30 resíduos são 90 caracteres em três letras e 30 numa só, e as bases de dados precisavam da curta.
As atribuições não são todas intuitivas. Algumas são a inicial óbvia — G de glicina; K de lisina, não. As desconfortáveis vale a pena memorizar, porque é aí que se cometem os erros de leitura:
| Letra | Resíduo | Porquê essa letra |
|---|---|---|
| K | Lisina | O L foi tomado pela leucina |
| R | Arginina | O A foi tomado pela alanina |
| W | Triptofano | O anel duplo sugeria um W |
| Y | Tirosina | «tYrosina» |
| Q | Glutamina | E e G já estavam tomados |
| N | Asparagina | A tomado; «asparagiNa» |
| F | Fenilalanina | «Fenilalanina» |
O sentido importa
As sequências escrevem-se do terminal N para o C, da esquerda para a direita, sempre. É uma convenção sem exceções práticas, e importa porque um péptido lido ao contrário é outra molécula: os mesmos resíduos por ordem inversa.
É também por isso que as convenções de numeração como ACTH(4-10) são inequívocas: resíduos quatro a dez contando a partir do terminal N da molécula de origem.
O que uma sequência diz de imediato
- Resíduos propensos a oxidação. M (metionina), C (cisteína) e W (triptofano) são os três a procurar. Uma sequência que os contenha exige mais cuidado com a luz e o oxigénio dissolvido.
- Candidatos a desamidação. N (asparagina) e Q (glutamina) convertem-se lentamente com o tempo, alterando a massa em cerca de 1 Da.
- Carga a pH neutro. K, R e H trazem carga positiva; D e E, negativa. Uma sequência carregada para um lado e pobre no outro terá provavelmente um comportamento de solubilidade que convém verificar antes de comprometer um frasco a um volume.
- Hidrofobicidade. Uma sequência de I, L, V, F ou W sugere um péptido que pode não dissolver facilmente em solução aquosa simples.
Uma leitura de exemplo
Tomemos o BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Quinze resíduos. Três prolinas seguidas perto do início, o que é estruturalmente rígido e invulgarmente resistente à clivagem enzimática. Dois aspartatos adjacentes, que trazem carga negativa. Sem metionina, cisteína ou triptofano — a oxidação é aqui menos preocupante no manuseamento do que seria numa sequência como o DSIP, que começa por W.
Nada disto exigiu consultar uma base de dados. É disso que se trata aprender a ler a cadeia.
Onde liga ao certificado
É da sequência que se calcula a massa teórica que consta de um certificado de análise. Se souber ler a sequência, pode verificar por alto que a massa teórica é plausível — cerca de 110 Da por resíduo como média grosseira, menos 18 Da por ligação pela água perdida na sua formação. Quinze resíduos devem cair perto de 1400 Da, e o BPC-157 sai em cerca de 1419.
Não é uma verificação precisa, mas apanha a classe de erros em que um certificado foi emitido para um composto completamente diferente. O nosso guia para ler um certificado cobre o resto do documento.
Cada lote que fornecemos é analisado por um laboratório independente quanto a pureza por HPLC e identidade por espetrometria de massa, e os dados completos de sequência constam de cada página de produto.
All products and information referenced are for in-vitro research and laboratory use only. Nothing here is medical advice, and no therapeutic claim is made or implied.