Jak czytać sekwencje peptydowe
Kod jedno- i trzyliterowy, kierunek zapisu oraz to, co sekwencja mówi o utlenianiu, ładunku i rozpuszczalności, zanim przeczytasz cokolwiek innego.
Sekwencja peptydowa zapisana jako GEPPPGKPADDAGLV i ta sama sekwencja zapisana jako Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val opisują identyczną cząsteczkę. Umiejętność przechodzenia między nimi i wiedza o tym, co sekwencja mówi, zanim przeczyta się cokolwiek innego, to najbardziej przenośna umiejętność w pracy z tym materiałem.
Dwie notacje, jedna cząsteczka
Kod trzyliterowy jest starszy i czytelniejszy. Kod jednoliterowy powstał, bo sekwencje się wydłużyły: peptyd 30-resztowy to 90 znaków w zapisie trzyliterowym i 30 w jednoliterowym, a bazy danych potrzebowały krótszego.
Przypisania jednoliterowe nie wszystkie są intuicyjne. Niektóre to oczywista pierwsza litera — G dla glicyny — ale K dla lizyny już nie. Te niewygodne warto zapamiętać, bo to przy nich powstają błędy odczytu:
| Litera | Reszta | Skąd ta litera |
|---|---|---|
| K | Lizyna | L zajęła leucyna |
| R | Arginina | A zajęła alanina |
| W | Tryptofan | Podwójny pierścień nasuwał W |
| Y | Tyrozyna | od angielskiego „tYrosine” |
| Q | Glutamina | E i G były już zajęte |
| N | Asparagina | A zajęte; „asparagiNe” |
| F | Fenyloalanina | od „Fenylalanine” |
Kierunek ma znaczenie
Sekwencje zapisuje się zawsze od końca N do końca C, od lewej do prawej. To konwencja bez praktycznych wyjątków i ma znaczenie, bo peptyd odczytany wspak to inna cząsteczka — te same reszty w odwrotnej kolejności.
Dlatego też konwencje numeracji w rodzaju ACTH(4-10) są jednoznaczne: reszty od czwartej do dziesiątej, licząc od końca N cząsteczki macierzystej.
Co sekwencja mówi od razu
- Reszty podatne na utlenianie. M (metionina), C (cysteina) i W (tryptofan) to trzy, których należy szukać. Sekwencja je zawierająca wymaga większej ostrożności wobec światła i rozpuszczonego tlenu niż taka, która ich nie ma.
- Kandydaci do deamidacji. N (asparagina) i Q (glutamina) przekształcają się powoli w czasie, zmieniając masę o około 1 Da.
- Ładunek przy pH obojętnym. K, R i H niosą ładunek dodatni; D i E ujemny. Sekwencja bogata w jedne, a uboga w drugie, prawdopodobnie ma zachowanie rozpuszczalnościowe warte sprawdzenia, zanim przypiszesz fiolce objętość.
- Hydrofobowość. Ciąg I, L, V, F lub W sugeruje sekwencję, która może nie rozpuścić się łatwo w zwykłym roztworze wodnym.
Odczyt przerobiony
Weź BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Piętnaście reszt. Trzy proliny pod rząd blisko początku, co jest strukturalnie sztywne i nietypowo odporne na cięcie enzymatyczne. Dwa sąsiadujące asparaginiany wnoszące ładunek ujemny. Brak metioniny, cysteiny i tryptofanu — więc utlenianie jest tu mniejszym zmartwieniem niż przy sekwencji takiej jak DSIP, która zaczyna się od W.
Nic z tego nie wymagało zaglądania do bazy danych. I o to chodzi w nauczeniu się czytania tego ciągu.
Gdzie łączy się to z certyfikatem
To z sekwencji oblicza się masę teoretyczną podaną na certyfikacie analizy. Umiejąc czytać sekwencję, możesz z grubsza sprawdzić, czy masa teoretyczna jest wiarygodna — mniej więcej 110 Da na resztę jako zgrubna średnia, minus 18 Da na każde wiązanie za wodę utraconą przy jego tworzeniu. Piętnaście reszt powinno wylądować gdzieś koło 1400 Da, a BPC-157 wypada przy około 1419.
To nie jest sprawdzenie precyzyjne, ale wyłapuje tę klasę błędów, w której certyfikat wystawiono dla zupełnie innego związku. Nasz przewodnik po czytaniu certyfikatu omawia resztę dokumentu.
Każdą dostarczaną przez nas szarżę analizuje niezależne laboratorium pod kątem czystości HPLC i tożsamości metodą spektrometrii mas, a pełne dane sekwencyjne znajdują się na każdej karcie produktu.
All products and information referenced are for in-vitro research and laboratory use only. Nothing here is medical advice, and no therapeutic claim is made or implied.