Jak číst peptidovou sekvenci
Jednopísmenný a třípísmenný kód, proč na směru záleží a co ti sekvence řekne o stabilitě a rozpustnosti před jakýmkoli vyhledáváním.
Peptidová sekvence zapsaná jako GEPPPGKPADDAGLV a táž sekvence zapsaná jako Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val popisují touž molekulu. Umět se mezi nimi pohybovat a vědět, co ti sekvence řekne dřív, než cokoli jiného přečteš, je nejpřenosnější dovednost při práci s tímto materiálem.
Dvě notace, jedna molekula
Třípísmenný kód je starší a čitelnější forma. Jednopísmenný kód existuje proto, že sekvence se prodloužily: 30zbytkový peptid má v třípísmenné formě 90 znaků a v jednopísmenné 30, a databáze potřebovaly tu kratší.
Přiřazení jednotlivých písmen nejsou vždy intuitivní. Některá jsou zřejmým počátečním písmenem — G pro glycin; K pro lysin ne. Ta nepohodlná se vyplatí zapamatovat, protože právě tam vznikají chyby při čtení:
| Písmeno | Zbytek | Proč toto písmeno |
|---|---|---|
| K | Lysin | L zabral leucin |
| R | Arginin | A zabral alanin |
| W | Tryptofan | Dvojitý kruh připomínal W |
| Y | Tyrosin | „tYrosin” |
| Q | Glutamin | E i G byly zabrány |
| N | Asparagin | A zabráno; „asparagiN” |
| F | Fenylalanin | „Fenylalanin” |
Na směru záleží
Sekvence se píší od N-konce k C-konci, zleva doprava, vždy. Je to konvence bez praktických výjimek a je důležitá, protože peptid čtený odzadu je jiná molekula — tytéž zbytky v opačném pořadí.
Proto jsou i konvence číslování jako ACTH(4-10) jednoznačné: zbytky čtyři až deset počítané od N-konce rodičovské molekuly.
Co ti sekvence řekne okamžitě
- Zbytky náchylné k oxidaci. M (methionin), C (cystein) a W (tryptofan) jsou ty tři, které je třeba hledat. Sekvence s nimi vyžaduje více opatrnosti se světlem a rozpuštěným kyslíkem než sekvence bez nich.
- Kandidáti na deamidaci. N (asparagin) a Q (glutamin) se časem pomalu mění a posouvají hmotnost přibližně o 1 Da.
- Náboj při neutrálním pH. K, R a H nesou kladný náboj; D a E záporný. Sekvence bohatá na jedno a chudá na druhé bude mít pravděpodobně chování rozpustnosti, které se vyplatí ověřit dřív, než vialku zavážeš k objemu.
- Hydrofobicita. Série I, L, V, F nebo W naznačuje sekvenci, která se nemusí v obyčejném vodném roztoku ochotně rozpustit.
Ukázkové čtení
Vezmi BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Patnáct zbytků. Tři proliny za sebou blízko začátku, což je strukturně rigidní a neobvykle odolné vůči enzymatickému štěpení. Dva sousedící aspartáty přispívající záporným nábojem. Žádný methionin, cystein ani tryptofan — takže oxidace je zde menším problémem při manipulaci než u sekvence jako DSIP, která začíná na W.
Nic z toho nevyžadovalo vyhledávání v databázi. Právě o tom je naučit se číst ten řetězec.
Kde se to spojuje s certifikátem
Ze sekvence se počítá teoretická hmotnost na certifikátu analýzy. Umíš-li sekvenci přečíst, umíš orientačně ověřit, že teoretická hmotnost je věrohodná — hrubým průměrem zhruba 110 Da na zbytek, minus 18 Da na vazbu za vodu ztracenou při jejím vzniku. Patnáct zbytků by mělo skončit někde u 1400 Da a BPC-157 vychází asi na 1419.
Nejde o přesnou kontrolu, ale zachytí třídu chyb, kde byl certifikát vystaven pro zcela jinou sloučeninu. Náš průvodce čtením certifikátu pokrývá zbytek dokumentu.
Každou šarži, kterou dodáváme, analyzuje nezávislá laboratoř na HPLC čistotu a hmotnostně-spektrometrickou identitu a úplná data o sekvenci jsou na každé stránce produktu.
All products and information referenced are for in-vitro research and laboratory use only. Nothing here is medical advice, and no therapeutic claim is made or implied.