Kako čitati peptidne sekvence
Jednoslovni i troslovni kod, smjer zapisa i ono što sekvenca govori o oksidaciji, naboju i topljivosti prije nego pročitate išta drugo.
Peptidna sekvenca zapisana kao GEPPPGKPADDAGLV i ista sekvenca zapisana kao Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val opisuju istovjetnu molekulu. Znati prelaziti između njih i znati što vam sekvenca govori prije nego što pročitate išta drugo najprenosivija je vještina u radu s ovim materijalom.
Dva zapisa, jedna molekula
Troslovni kod stariji je i čitljiviji oblik. Jednoslovni kod postoji jer su sekvence postale duge: peptid od 30 ostataka ima 90 znakova u troslovnom obliku i 30 u jednoslovnom, a bazama podataka trebao je kraći.
Jednoslovne oznake nisu sve intuitivne. Neke su očito početno slovo — G za glicin — a K za lizin nije. Nezgodne vrijedi zapamtiti jer se upravo kod njih događaju pogreške u čitanju:
| Slovo | Ostatak | Zašto to slovo |
|---|---|---|
| K | Lizin | L je uzeo leucin |
| R | Arginin | A je uzeo alanin |
| W | Triptofan | Dvostruki prsten nalikuje na W |
| Y | Tirozin | od engleskog „tYrosine” |
| Q | Glutamin | E i G već su bili zauzeti |
| N | Asparagin | A zauzeto; „asparagiNe” |
| F | Fenilalanin | od „Fenylalanine” |
Smjer je važan
Sekvence se uvijek pišu od N-kraja prema C-kraju, slijeva nadesno. To je konvencija bez iznimaka u praksi i važna je jer je peptid pročitan unatrag druga molekula — isti ostaci obrnutim redoslijedom.
Zato su i konvencije numeriranja poput ACTH(4-10) nedvosmislene: ostaci od četvrtog do desetog, brojeno od N-kraja matične molekule.
Što vam sekvenca odmah govori
- Ostaci skloni oksidaciji. M (metionin), C (cistein) i W (triptofan) tri su koja treba tražiti. Sekvenca koja ih sadrži traži više opreza sa svjetlom i otopljenim kisikom nego ona koja ih nema.
- Kandidati za deamidaciju. N (asparagin) i Q (glutamin) polako se pretvaraju s vremenom, mijenjajući masu za oko 1 Da.
- Naboj pri neutralnom pH. K, R i H nose pozitivan naboj; D i E negativan. Sekvenca bogata jednima, a siromašna drugima vjerojatno ima ponašanje topljivosti koje vrijedi provjeriti prije nego što bočicu vežete uz volumen.
- Hidrofobnost. Niz od I, L, V, F ili W nagovještava sekvencu koja se možda neće lako otopiti u običnoj vodenoj otopini.
Primjer čitanja
Uzmite BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Petnaest ostataka. Tri prolina zaredom blizu početka, što je strukturno kruto i neuobičajeno otporno na enzimsko cijepanje. Dva susjedna aspartata koji doprinose negativnom naboju. Nema metionina, cisteina ni triptofana — pa je oksidacija ovdje manja briga pri rukovanju nego kod sekvence poput DSIP-a, koja počinje s W.
Ništa od toga nije tražilo pretragu baze podataka. To je i smisao učenja čitanja tog niza.
Gdje se to spaja s certifikatom
Iz sekvence se izračunava teorijska masa navedena na certifikatu analize. Ako znate pročitati sekvencu, možete grubo provjeriti je li teorijska masa uvjerljiva — otprilike 110 Da po ostatku kao gruba srednja vrijednost, minus 18 Da po vezi za vodu izgubljenu pri njezinu nastanku. Petnaest ostataka trebalo bi pasti negdje oko 1400 Da, a BPC-157 dolazi na oko 1419.
To nije precizna provjera, ali hvata onu vrstu pogreške kod koje je certifikat izdan za posve drugi spoj. Naš vodič za čitanje certifikata pokriva ostatak dokumenta.
Svaku šaržu koju isporučujemo analizira neovisni laboratorij na HPLC čistoću i identitet masenom spektrometrijom, a potpuni podaci o sekvenci nalaze se na svakoj stranici proizvoda.
All products and information referenced are for in-vitro research and laboratory use only. Nothing here is medical advice, and no therapeutic claim is made or implied.