Cómo leer una secuencia peptídica
Códigos de una y tres letras, por qué importa el sentido y qué dice una secuencia sobre estabilidad y solubilidad antes de consultar nada.
Una secuencia peptídica escrita GEPPPGKPADDAGLV y la misma secuencia escrita Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val describen la misma molécula. Saber pasar de una a otra, y saber qué te dice una secuencia antes de leer nada más, es la habilidad más transferible al manejar este material.
Dos notaciones, una molécula
El código de tres letras es la forma más antigua y legible. El de una letra existe porque las secuencias se alargaron: un péptido de 30 residuos son 90 caracteres en tres letras y 30 en una, y las bases de datos necesitaban la corta.
Las asignaciones no son todas intuitivas. Algunas son la inicial obvia —G de glicina—; K de lisina, no. Las incómodas conviene memorizarlas, porque ahí es donde se cometen los errores de lectura:
| Letra | Residuo | Por qué esa letra |
|---|---|---|
| K | Lisina | La L la tomó la leucina |
| R | Arginina | La A la tomó la alanina |
| W | Triptófano | El anillo doble sugería una W |
| Y | Tirosina | «tYrosina» |
| Q | Glutamina | E y G ya estaban tomadas |
| N | Asparagina | A tomada; «asparagiNa» |
| F | Fenilalanina | «Fenilalanina» |
El sentido importa
Las secuencias se escriben del extremo N al C, de izquierda a derecha, siempre. Es una convención sin excepciones prácticas, e importa porque un péptido leído al revés es otra molécula: los mismos residuos en orden inverso.
También por eso las convenciones de numeración como ACTH(4-10) son inequívocas: residuos cuatro a diez contando desde el extremo N de la molécula madre.
Qué te dice una secuencia de inmediato
- Residuos propensos a oxidación. M (metionina), C (cisteína) y W (triptófano) son los tres que hay que buscar. Una secuencia que los contenga exige más cuidado con la luz y el oxígeno disuelto.
- Candidatos a desamidación. N (asparagina) y Q (glutamina) se convierten lentamente con el tiempo, cambiando la masa en torno a 1 Da.
- Carga a pH neutro. K, R y H aportan carga positiva; D y E, negativa. Una secuencia cargada hacia un lado y pobre en el otro probablemente tenga un comportamiento de solubilidad que conviene comprobar antes de comprometer un vial a un volumen.
- Hidrofobicidad. Una tirada de I, L, V, F o W sugiere una secuencia que puede no disolverse con facilidad en disolución acuosa simple.
Una lectura de ejemplo
Tomemos el BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Quince residuos. Tres prolinas seguidas cerca del inicio, lo que es estructuralmente rígido y llamativamente resistente a la escisión enzimática. Dos aspartatos adyacentes, que aportan carga negativa. Sin metionina, cisteína ni triptófano: la oxidación es aquí menos preocupante en la manipulación de lo que sería en una secuencia como el DSIP, que empieza por W.
Nada de eso requirió consultar una base de datos. De eso trata aprender a leer la cadena.
Dónde conecta con el certificado
De la secuencia se calcula la masa teórica que figura en un certificado de análisis. Si sabes leer la secuencia, puedes comprobar a ojo que la masa teórica es plausible: unos 110 Da por residuo como media aproximada, menos 18 Da por enlace por el agua perdida al formarlo. Quince residuos deberían quedar cerca de 1400 Da, y el BPC-157 sale en torno a 1419.
No es una comprobación precisa, pero atrapa la clase de error en que un certificado se ha emitido para un compuesto completamente distinto. Nuestra guía para leer un certificado cubre el resto del documento.
Cada lote que suministramos lo analiza un laboratorio independiente para pureza por HPLC e identidad por espectrometría de masas, y los datos completos de secuencia aparecen en cada ficha de producto.
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