Wie man eine Peptidsequenz liest
Ein- und Drei-Buchstaben-Code, warum die Richtung zählt und was eine Sequenz über Stabilität und Löslichkeit sagt, bevor man irgendwo nachschlägt.
Eine Peptidsequenz, geschrieben als GEPPPGKPADDAGLV, und dieselbe Sequenz, geschrieben als Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val, beschreiben dasselbe Molekül. Zwischen beiden wechseln zu können und zu wissen, was eine Sequenz einem sagt, bevor man irgendetwas anderes liest, ist die übertragbarste Fähigkeit im Umgang mit diesem Material.
Zwei Notationen, ein Molekül
Der Drei-Buchstaben-Code ist die ältere und lesbarere Form. Der Ein-Buchstaben-Code existiert, weil Sequenzen lang wurden: Ein Peptid aus 30 Resten hat in Drei-Buchstaben-Form 90 Zeichen und in Ein-Buchstaben-Form 30, und Datenbanken brauchten die kürzere.
Die Buchstabenzuordnungen sind nicht alle intuitiv. Manche sind der offensichtliche Anfangsbuchstabe — G für Glycin; K für Lysin nicht. Die unbequemen lohnt es sich zu merken, denn dort entstehen Lesefehler:
| Buchstabe | Rest | Warum dieser Buchstabe |
|---|---|---|
| K | Lysin | L war von Leucin belegt |
| R | Arginin | A war von Alanin belegt |
| W | Tryptophan | Der Doppelring erinnerte an ein W |
| Y | Tyrosin | „tYrosin” |
| Q | Glutamin | E und G waren beide belegt |
| N | Asparagin | A belegt; „asparagiN” |
| F | Phenylalanin | „Fenylalanin” |
Die Richtung zählt
Sequenzen werden vom N- zum C-Terminus geschrieben, von links nach rechts, immer. Das ist eine Konvention ohne praktische Ausnahmen, und sie zählt, weil ein rückwärts gelesenes Peptid ein anderes Molekül ist — dieselben Reste in umgekehrter Reihenfolge.
Deshalb sind auch Nummerierungskonventionen wie ACTH(4-10) eindeutig: Reste vier bis zehn, gezählt vom N-Terminus der Ausgangsverbindung.
Was eine Sequenz sofort sagt
- Oxidationsanfällige Reste. M (Methionin), C (Cystein) und W (Tryptophan) sind die drei, nach denen man sucht. Eine Sequenz mit ihnen braucht mehr Sorgfalt bei Licht und gelöstem Sauerstoff als eine ohne.
- Deamidierungskandidaten. N (Asparagin) und Q (Glutamin) wandeln sich mit der Zeit langsam um und ändern die Masse um etwa 1 Da.
- Ladung bei neutralem pH. K, R und H tragen positive Ladung; D und E negative. Eine Sequenz mit viel von einem und wenig vom anderen hat wahrscheinlich ein Löslichkeitsverhalten, das man prüfen sollte, bevor man ein Fläschchen auf ein Volumen festlegt.
- Hydrophobizität. Eine Abfolge von I, L, V, F oder W deutet auf eine Sequenz hin, die sich in rein wässriger Lösung womöglich nicht bereitwillig löst.
Eine Beispiellesung
Nehmen wir BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Fünfzehn Reste. Drei Proline hintereinander nahe dem Anfang, was strukturell starr und ungewöhnlich widerstandsfähig gegen enzymatische Spaltung ist. Zwei benachbarte Aspartate, die negative Ladung beitragen. Kein Methionin, Cystein oder Tryptophan — Oxidation ist hier bei der Handhabung also weniger ein Thema als bei einer Sequenz wie DSIP, die mit W beginnt.
Nichts davon erforderte eine Datenbankabfrage. Genau darum geht es beim Lesenlernen dieser Zeichenkette.
Wo es sich mit dem Zertifikat verbindet
Aus der Sequenz wird die theoretische Masse auf einem Analysenzertifikat berechnet. Wer die Sequenz lesen kann, kann grob prüfen, ob die theoretische Masse plausibel ist — als grober Mittelwert etwa 110 Da pro Rest, minus 18 Da pro Bindung für das bei ihrer Bildung verlorene Wasser. Fünfzehn Reste sollten irgendwo bei 1400 Da landen, und BPC-157 kommt auf etwa 1419.
Das ist keine präzise Prüfung, fängt aber die Fehlerklasse ab, bei der ein Zertifikat für eine völlig andere Verbindung ausgestellt wurde. Unser Leitfaden zum Lesen eines Zertifikats behandelt den Rest des Dokuments.
Jede Charge, die wir liefern, wird von einem unabhängigen Labor auf HPLC-Reinheit und massenspektrometrische Identität analysiert, und vollständige Sequenzdaten stehen auf jeder Produktseite.
All products and information referenced are for in-vitro research and laboratory use only. Nothing here is medical advice, and no therapeutic claim is made or implied.