Ako čítať peptidovú sekvenciu
Jednopísmenový a trojpísmenový kód, prečo na smere záleží a čo ti sekvencia povie o stabilite a rozpustnosti pred akýmkoľvek vyhľadávaním.
Peptidová sekvencia zapísaná ako GEPPPGKPADDAGLV a tá istá sekvencia zapísaná ako Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val opisujú tú istú molekulu. Vedieť sa medzi nimi pohybovať a vedieť, čo ti sekvencia povie skôr, než čokoľvek iné prečítaš, je najprenosnejšia zručnosť pri práci s týmto materiálom.
Dve notácie, jedna molekula
Trojpísmenový kód je staršia a čitateľnejšia forma. Jednopísmenový kód existuje preto, že sekvencie sa predĺžili: 30-zvyškový peptid má v trojpísmenovej forme 90 znakov a v jednopísmenovej 30, a databázy potrebovali tú kratšiu.
Priradenia jednotlivých písmen nie sú vždy intuitívne. Niektoré sú zrejmým začiatočným písmenom — G pre glycín; K pre lyzín nie. Tie nepohodlné sa oplatí zapamätať, lebo práve tam vznikajú chyby pri čítaní:
| Písmeno | Zvyšok | Prečo toto písmeno |
|---|---|---|
| K | Lyzín | L zabral leucín |
| R | Arginín | A zabral alanín |
| W | Tryptofán | Dvojitý kruh pripomínal W |
| Y | Tyrozín | „tYrozín” |
| Q | Glutamín | E aj G boli zabraté |
| N | Asparagín | A zabrané; „asparagíN” |
| F | Fenylalanín | „Fenylalanín” |
Na smere záleží
Sekvencie sa píšu od N-konca k C-koncu, zľava doprava, vždy. Je to konvencia bez praktických výnimiek a je dôležitá, lebo peptid čítaný odzadu je iná molekula — tie isté zvyšky v opačnom poradí.
Preto sú aj konvencie číslovania ako ACTH(4-10) jednoznačné: zvyšky štyri až desať počítané od N-konca rodičovskej molekuly.
Čo ti sekvencia povie okamžite
- Zvyšky náchylné na oxidáciu. M (metionín), C (cysteín) a W (tryptofán) sú tie tri, ktoré treba hľadať. Sekvencia s nimi vyžaduje viac opatrnosti so svetlom a rozpusteným kyslíkom než sekvencia bez nich.
- Kandidáti na deamidáciu. N (asparagín) a Q (glutamín) sa časom pomaly menia a posúvajú hmotnosť približne o 1 Da.
- Náboj pri neutrálnom pH. K, R a H nesú kladný náboj; D a E záporný. Sekvencia bohatá na jedno a chudobná na druhé bude mať pravdepodobne správanie rozpustnosti, ktoré sa oplatí overiť pred tým, než fľaštičku zaviažeš k objemu.
- Hydrofobicita. Séria I, L, V, F alebo W naznačuje sekvenciu, ktorá sa nemusí v obyčajnom vodnom roztoku ochotne rozpustiť.
Ukážkové čítanie
Vezmi BPC-157: GEPPPGKPADDAGLV. Pätnásť zvyškov. Tri prolíny za sebou blízko začiatku, čo je štruktúrne rigidné a nezvyčajne odolné voči enzymatickému štiepeniu. Dva susediace aspartáty prispievajúce záporným nábojom. Žiadny metionín, cysteín ani tryptofán — takže oxidácia je tu menším problémom pri manipulácii než pri sekvencii ako DSIP, ktorá začína na W.
Nič z toho nevyžadovalo vyhľadávanie v databáze. Práve o tom je naučiť sa čítať ten reťazec.
Kde sa to spája s certifikátom
Zo sekvencie sa počíta teoretická hmotnosť na certifikáte analýzy. Ak vieš sekvenciu prečítať, vieš orientačne overiť, že teoretická hmotnosť je vierohodná — hrubým priemerom zhruba 110 Da na zvyšok, mínus 18 Da na väzbu za vodu stratenú pri jej vzniku. Pätnásť zvyškov by malo skončiť niekde pri 1400 Da a BPC-157 vychádza asi na 1419.
Nejde o presnú kontrolu, ale zachytí triedu chýb, kde bol certifikát vystavený pre úplne inú zlúčeninu. Náš sprievodca čítaním certifikátu pokrýva zvyšok dokumentu.
Každú šaržu, ktorú dodávame, analyzuje nezávislé laboratórium na HPLC čistotu a hmotnostno-spektrometrickú identitu a úplné údaje o sekvencii sú na každej stránke produktu.
Všetky uvádzané produkty a informácie sú určené výhradne na in-vitro výskum a laboratórne použitie. Nič z uvedeného nie je lekárska rada a nepredstavuje ani nenaznačuje žiadne terapeutické tvrdenie.