Slovník výzkumu peptidů
Pojmy z certifikátů, stránek produktů a literatury, vysvětlené přímo, s odkazy na delší vysvětlení.
Pojmy, které se objevují na certifikátech analýzy, na stránkách produktů a ve výzkumné literatuře, vysvětlené přímo. Kde má pojem vlastní článek, následuje odkaz.
A–C
Acetylace (N-koncová) — navázání acetylové skupiny na volný amin na N-konci peptidu, blokující útok aminopeptidáz. Píše se jako Ac- na začátku sekvence.
Aib — kyselina α-aminoisomáselná, neproteinogenní aminokyselina se dvěma methylovými skupinami na alfa uhlíku. Přidává sterický objem blokující štěpení DPP-4 a podporuje helikální strukturu. Používá se v GLP-III a ipamorelinu.
Agregace — nevratné spojování peptidových molekul navzájem, poháněné rozhraními vzduch–kapalina, cyklováním mrazení, vysokou koncentrací a pH blízko izoelektrického bodu. Ředěním se nezvrátí. Celý článek.
Amidace (C-koncová) — přeměna koncové karboxylové kyseliny na amid, blokující útok karboxypeptidáz. Píše se jako -NH2.
Bakteriostatická voda — sterilní voda s 0,9 % benzylalkoholu jako konzervační látkou, umožňující opakovaný přístup k vialce během týdnů. Cytotoxická; nevhodná pro buněčné kultury. Celý článek.
Šarže (lot) — materiál vyrobený v jednom výrobním běhu za jedné sady podmínek. Analytické výsledky platí pro testovanou šarži a pro žádnou jinou. Celý článek.
COA — certifikát analýzy. Dokument s analytickými výsledky pro konkrétní šarži. Smysluplný jen tehdy, když číslo šarže odpovídá vialce. Celý článek.
Protiiont — opačně nabitý iont spojený s nabitými skupinami peptidu, obvykle trifluoracetát. Tvoří 5–20 % hmotnosti ve vialce. Celý článek.
D–H
Deamidace — samovolná přeměna postranních řetězců asparaginu nebo glutaminu na aspartát nebo glutamát, přidávající 1 Da. Zrychluje se nad pH 7.
Deleční sekvence — řetězec s jedním chybějícím zbytkem, vznikající při neúplném spojovacím kroku. Dominantní třída nečistot v syntetických peptidech, strukturně dost blízká produktu na to, aby se obtížně oddělovala.
DPP-4 — dipeptidylpeptidáza-4, enzym odstraňující první dva N-koncové zbytky z náchylných peptidů. Hlavní eliminační cesta inkretinových a GHRH peptidů a cíl většiny inženýrství poločasu.
Endotoxin — lipopolysacharid z membrán gramnegativních bakterií. Tepelně stabilní, pro HPLC neviditelný, aktivní při pikogramech v práci s buňkami. Měří se v EU/mg. Celý článek.
ESI — elektrosprejová ionizace, metoda hmotnostní spektrometrie dávající vícenásobně nabité ionty a napojující se přímo na HPLC. Celý článek.
Fmoc — fluorenylmethyloxykarbonyl, chránicí skupina labilní vůči zásadám používaná v dominantní strategii syntézy na pevné fázi.
GHS-R1a — receptor sekretagogů růstového hormonu, cíl ghrelinu a třídy GHRP. Odlišný od receptoru GHRH. Celý článek.
Poločas (t½) — čas, za který plazmatická koncentrace klesne na polovinu. Není totéž co trvání účinku. Celý článek.
HPLC — vysokoúčinná kapalinová chromatografie. Dělí podle hydrofobicity a dává čistotu jako procento plochy. Celý článek.
I–P
Izoelektrický bod (pI) — pH, při kterém peptid nenese čistý náboj a rozpustnost je minimální. Většina selhání rozpouštění je peptid sedící na svém pI. Celý článek.
Laktamový můstek — kovalentní amidové spojení dvou postranních řetězců cyklizující peptid. Stabilnější než disulfid: nepřeskupuje se ani neredukuje. Hmotnostní podpis −18 Da.
Lyofilizace — sušení mrazem. Odstraňuje vodu sublimací ve vakuu a zanechává sklovitou pevnou látku. Důvod, proč je zapečetěný peptid stabilní při pokojové teplotě. Celý článek.
MALDI — laserová desorpce/ionizace za asistence matrice. Dává převážně jednonásobně nabité ionty; toleruje soli.
Norleucin (Nle) — analog methioninu bez síry, používaný k odstranění oxidace. Vyskytuje se v Melanotanu II.
Obsah peptidu — podíl hmotnosti ve vialce, který je skutečně peptidem, typicky 75–90 %. Jiná otázka než čistota. Celý článek.
Čistota (HPLC, % plochy) — plocha hlavního píku dělená celkovou integrovanou plochou. Relativní, ne absolutní: neříká nic o protiiontech ani vodě.
R–Z
Rekonstituce — rozpuštění lyofilizovaného peptidu v rozpouštědle. Celý článek.
Pouze pro výzkumné účely — regulační pozice, ne vyloučení odpovědnosti. Právo EU zařazuje podle určeného účelu, takže výzkumná chemikálie je regulována podle REACH a CLP, ne jako léčivo. Celý článek.
Přeskupení — disulfid, který si vymění partnery a dá izomer se stejnou hmotností a nesprávnou strukturou. Hmotnostní spektrometrií nezjistitelné. Celý článek.
SPPS — syntéza peptidů na pevné fázi. Řetězce se staví na nerozpustné pryskyřici, od C-konce. Celý článek.
TFA — kyselina trifluoroctová. Používá se při štěpení a jako přísada mobilní fáze HPLC; výchozí protiiont běžně purifikovaného peptidu. Při dostatečné koncentraci cytotoxická.
Teoretická vs. naměřená hmotnost — hmotnost vypočítaná ze sekvence oproti naměřené hmotnosti. Shoda potvrzuje identitu; běžné odchylky jsou +16 (oxidace), +1 (volná kyselina nebo deamidace), −18 (ztráta vody) a −57 až −186 (delece).
All products and information referenced are for in-vitro research and laboratory use only. Nothing here is medical advice, and no therapeutic claim is made or implied.